尽管有机食品近年来的发展趋势日渐加快，但作为一个新兴的行业，有机食品和许多新兴行业一样，一系列的市场短板在发展过程中展露无遗。
广东省农业部门一位不愿意透露姓名的人士在接受记者采访时表示，目前在国内做有机农产品严格来说是很难的。有机食品的一个重要大前提是完全没有污染，例如土地3年内没有喷过农药，没有加过任何除草剂，挖地三尺都测不到有害细菌，土壤达标了水源还要达标，这样的环境很难找；而且种植的过程中不能使用任何化学药物，该人士颇幽默地称，“如果长了虫子要抓，不能喷农药，有老鼠也只能养猫来抓。”
“如果是深加工食品，制作过程也不能加任何化学物质。目前技术是没有太大问题，但如果实践起来，目前的环境条件都不行。”该人士指出，现在市面上打着有机标识的食品，都比较贵，因为企业要获得有机认证，需要花掉一大笔钱，而这些认证的权威性，也会让人打上一个问号。
目前市面上能取得认证的有机食品多以初级农产品为主。如大米、茶叶、杂粮、水果等，而深加工产品比较少，因为涉及到技术、保鲜、防腐剂、添加剂使用的问题。
