深海鱼胶原蛋白基本采用鱼皮为原料。浅海鱼胶原蛋白为鱼鳞胶原蛋白。
从检测结果上看，鱼鳞胶原蛋白的羟脯氨酸含量偏高一点，但是由于鱼皮胶原蛋白中富含弹力蛋白，对于改善皮肤松弛，延缓衰老的效果会更明显。另外鱼鳞胶原蛋白由于原料来源的问题，需要进行脱腥脱臭处理，一般使用活性碳在吸附杂质。对胶原蛋白会有一定的损耗。因此无论从工艺还是效果上，鱼皮胶原蛋白更适合为人体吸收。
考虑到浅海养殖中存在的饲料来源和水源污染的问题，深海鱼的品质和安全性显然要高于浅海罗非鱼。
深海鱼生长主要在寒冷海水域，野生条件下，生长速度较慢，罗非鱼主要生长在高温淡水水域，人工饲养条件下，生长速度较快。因此从营养价值的角度来看待，深海鱼要高于浅海罗非鱼。
由于胶原蛋白售价不菲，而鱼皮胶原的低抗原性、低过敏性、酶解胶容易，所以深海鱼皮胶原蛋白适合所有人群食用，也是销售者的理想选择。目前最热的胶原蛋白品牌基本都是属于深海鱼胶原蛋白，如德国美娇颜胶原蛋白，汤臣倍健胶原蛋白等。
