纯净水设备在运行一段时间后原来中带来的杂质污染导致膜元件通量降低，从而使设备产水量下降，这时必须选择对应的方式进行解决，常见污染物如下：
1)无机污染：指结垢物质，常见的是碳酸钙、硫酸钙。保持水的紊流状态可减少膜污染。由于化学沉降引起及二氧化硅胶体富集作用决定。
2)有机污染：指膜的特性，如表面电荷、憎水性、粗糙度、对膜的有机吸附等，研究表明：细胞外聚合物、溶解性有机物及细微粒胶体形成凝胶层导致膜通量下降。
3)微生物污染：微生物及代谢物，膜面上吸附的有机物，为微生物生存提供了条件，形成一层生物膜，造成不可逆堵塞，膜通量下降。
膜面的堵塞物有矿物质、蛋白质、糖类等，膜分离的对象一般是各组分的混合物，各组分间存在复杂的物理化学作用，膜表面堵塞往往是各类组分共同作用的结果，难以确定其种类。发生堵塞后常用物理方法、化学方法进行清洗，必要时两种方法可交叉使用。
1、常用的物理清洗技术：水力清洗着重去除可逆污染物和部分不可逆污染物。
1)清水或气水混合物正向冲洗：膜出水以高速低压冲洗膜表面。水力剪切作用、减少膜面上的堵塞物，恢复透水量。单独使用时效果不佳。
2)清水或气水混合物反向冲洗：根据堵塞的程度可选择不同的反冲压力流速和历时，对初期堵塞有效。
3)水力输送海绵球去除软质堵塞物：其直径略大于膜管直径，在水压推动下流经堵塞的膜表面，进行强制性冲洗，适用于有机胶体为主的堵塞。操作复杂，往往会损伤膜表面。
2、化学清洗技术
常用酸清洗剂、碱清洗剂、酶清洗剂、表面活性剂、络合剂、消毒剂、复合剂清洗。清洗效果与清洗剂种类、浓度、温度、PH值等有关。
