益生菌在身体内是一个渐变过程
竞争期1-4周
在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素(bacteriocin)和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。
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优势期4-8周
由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以这个时候人体会开始感受到病症的改善。
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巩固期8到12周
坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
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稳定期12周以上
当益生菌和有益菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌(有害菌很难被完全杀死，多数处于休眠状态)卷土重来，以丹麦为主的健康专家建议在服用过12周的益生菌之后，可以将益生菌摄入量减到一半(其实不减半对身体不可能有坏处，只是要花更多的钱了)，用来巩固益生菌的效果，一直坚持到半年，然后可停用。对大多数人来讲，停用后，这一最优化的效果可以维持一段时间，大约半年到一年。但由于生活、饮食习惯等各种原因，现代城市人的生活方式较容易使肠道菌群不能到达最佳状态，那么需要阶段性的补充益生菌。
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