ISO9000和HACCP不是孤立的两个体系，它们是相通的。ISO9000体系涵盖了HACCP。
ISO9001:2000强调“过程控制”，在建立质量体系时要运用过程方法。ISO9001标准4.1 要求组织应识别质量管理体系所需的过程；确定为确保这些过程的有效运作和控制所需的准则和方法；监视、测量和分析这些过程......。
作为一个食品企业来讲，每一个活动都是一个过程，都有“输入”和“输出”。对生产活动来讲，每一个工序都是一个过程。工厂在制定生产工艺时，对每一个加工工序，我们会从感观质量、卫生质量等各方面因素综合考虑，制定合理的控制措施（即操作规程）。单从卫生质量方面来讲，我们所实施的GMP、SSOP以及HACCP计划，都是控制措施。工厂针对CCP所制定的HACCP计划，不就是ISO9001所要求的“组织应确定为确保这些过程的有效运作和控制所需的准则和方法”吗？大家想一想，是不是这么回事？
作为一个食品企业，我们的目标是生产安全、健康、营养的食品。从安全角度来讲，工厂所生产的食品不能含有对人体健康有影响的因素。ISO9001标准总则里明确说明：“本标准为有下列需求的组织规定了质量管理体系要求：a)需要证实其有能力稳定地提供满足顾客和适用的法律法规要求地产品；b)通过体系的有效应用，包括体系持续改进的过程以及保证符合顾客与适用的法律法规要求，旨在增进顾客满意”。一个食品企业的顾客，他所期望的肯定是购买安全、健康、营养的食品（当然，从贸易角度来讲，还会有其他期望，但这些不是这个话题所要讨论的），如果工厂做不到这些，就不能说明你的质量体系符合ISO9001标准。一个企业建立ISO9001标准，不是简单地依据标准编写质量手册就完事了，关键在于工厂所制定的作业指导文件是否满足国家法律、法规要求，是否能保证“产品实现”（ISO9001标准第7章）过程顺利实施，对于食品企业来讲，肯定包括了“是否在生产过程中有效控制了各种安全危害”的内容，否则，工厂不可能生产出合格的食品。
ISO9000体系是一个系统工程，它涵盖了HACCP体系。从一定意义上来讲，HACCP只是一种有效控制安全危害的方法，其是食品企业为了有效控制安全危害所采取的控制措施，应该属于ISO9001标准第7章“产品实现”中的一个过程，即通过实施HACCP计划，确保实现“生产安全食品”的目标。以罐头为例，大家都在HACCP计划中把“杀菌”作为CCP，实施有效控制，实际上，一个罐头企业，即使没有建立HACCP计划，他们也会把杀菌作为重点控制的工序，只不过引入HACCP理念以后，可能对生产过程中存在的危害分析更全面，所采取的各种措施更能有效控制各种安全危害，相对来讲，更加系统化。
一个企业只能有一个体系（不管叫法多么多），不可能有两个，只不过随着时间的变化，随着人们对某种事物认知度的提高，我们的关注点也在发生变化。原来我们对食品的色、香、味关注较多，近几年来，开始关注食品安全（食品安全管理体系），开始关注环境保护（ISO18000），现在又开始关注员工的劳动保护，等等等等......体系只有一个，只是在不断完善，持续改进。
还有一个例子能说明问题：过去认证机构对企业实施ISO9000评审，评审组基本上是只有人数的限制，现在不同了，必须要有一名专业审核员。如果食品企业申请认证，必须要有一名具备食品质量经历的审核员，要懂得食品卫生知识，只有这样，才能更有效的验证质量体系是否符合ISO9000标准要求。
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