在食品加工过程中，除了重视防止原料微生物污染（一次污染）外，还须防止微生物二次污染，即防止制造机械、生产工具等微生物污染，保持制造设备的清洁环境，这也是防止食物中毒等事故最有效的方法。
食品加工机器的洗净，防止食品污染是控制微生物生长繁殖的极重要的手段。设备经清洗后微生物绝对减少，而且洗去了以蛋白质和碳水化合物为主的微生物营养源，杜绝了微生物繁殖。清洗时，使用水和洗涤剂，需达到清洁度高、不影响加工机械及食品质量、操作方便卫生又要安全、废水处理容易、经济的目的。
食品加工设备进行杀菌也是保持设备卫生方法的重要措施，除采用物理杀菌法外，食品机器的杀菌几乎都可用化学杀菌。理想的杀菌剂应该是杀菌范围广、杀菌效果快、对机器及食品质量无影响、杀菌的持续效果高、洗脱容易、万一混入安全无毒、对废水处理设施及环境的不利影响小、经济等要求。工厂可根据微生物污染情况合理选用杀菌剂。
杀菌剂次氯酸钠对食品加工设备杀菌效果迅速，对微生物非选择性，能充分发酵杀菌效率，器具表面不会形成皮膜，几乎不受水硬度及其他成分的影响，杀菌浓度低时无毒性，浓度测定容易，是液体、易计量，含有高浓度活性成分，能除去恶臭，价格低廉等优点。但也存在一些缺点，如具有特殊味，能将污染物漂白，冷时冻结，必须保存在低温阴暗处，制品碱度显著影响杀菌效果，使用不当会成为生锈与腐蚀之因，接触有机污染物时会降低杀菌液的浓度，加在含铁水中会产生沉淀不能使用等。
为防止微生物二次污染，可使用杀菌洗净剂，具有杀菌与洗净两方面的作用。如氯素、碘素系、胍系、酚系、阴离子等杀菌性洗净剂，使用时各有优缺点。
