我们现在知道关于苏格兰威士忌记录的最早资料可追溯到1494年。据记载，当时在法夫郡(FiFe)纽堡(Newburgh)附近的灵多乐(Lindores)修道院里，有一个叫约翰·柯尔(John cor)的修道士，购买了8筛麦芽，生产了35箱威士忌。
家庭作坊式的酒厂，是当时法律所允许的，也是苏格兰庄园经济中必然的一部分。在夏季，农民开始饲养牛，并种植大麦，等到冬季时，长成的大麦便可用来喂牛，而多余的大麦就用来酿造一种烈性酒精饮料来抵御严寒。
在1643年的英国国内战争以后，谨慎的政府对从荷兰进口的烈酒和本土生产的酒精饮料都提高了赋税，而苏格兰那时不在英国政府的管辖范围内，所以不受这些赋税的影响。然而，威士忌产量的迅猛增加，迫使苏格兰议会在1644年通过了一项法案，对烈酒赋以重税。收税工作是很困难的，因为当时只有很少的收税员，而且许多酒厂地理位置偏僻。在1707年，联合法案(the Act of union)宣布苏格兰属于英国后，就出台了许多控制威士忌酿造的法律，形势变得复杂。酒厂的税率也各不相同，收税必须由被称为“红外套”(rcdcoats)的英国士兵伴随，“红外套”的名称是由他们穿的外套的颜色而来的。在那时，已有几个收税员丢掉了性命，收税成为一项危险的工作，因此，不得不派士兵给以保护。同样，哄骗“红外套”们也成为苏格兰全国上下的一种游戏，巧妙戏弄他们的“英雄事迹”被编入了一些酒厂的厂史中，被人们广为传诵。例如，一些酒厂规模很小，非法的蒸馏设备可轻易地销毁或转移，很难发现。一个非法的蒸馏酒厂的设备极其简单，由一个作为蒸馏器的金属缸、一小段冷却管道和一个大酒桶便可组成，金属缸里面可装入大麦、酵母、水，用大火烧沸，蒸发出酒精蒸气；冷却管道是用冷水冷却，用来收集冷凝的酒精；酒桶用来贮藏新蒸馏出的原酒。
1823年议会通过了一项法案，此法案规定，酒厂要使其酿酒成为合法，就要付一定的生产许可执照费，并且酒厂每年必须生产出至少150升威士忌。在1840年，政府对酒厂售出的每瓶酒又征收了税。至今在英国仍由政府向酒厂收取每瓶酒的销售税。
尽管酿酒可以秘密地进行，不被发现，但隐藏大堆的威七忌存货就不那么容易了。历史上有许多传说是关于珍品威士忌如何逃脱被毁或被充公的命运的。1798年，迈格勒斯-尤森(Magnus Eunsen)在奥克尼(Orknev)的高地庄园(Hightland Park)酒厂酿制威士忌。尤森既是一个声名狼籍的走私者，是当地的一名牧师。他常常把大桶大桶的威士忌藏匿在教堂里，一听说收税员到了这一地区，他就把威士忌转移到一块白布下。当收税员搜查教堂时，尤森和他的同伙们把一个封好的棺材放在白布下，开始装模作样地做法事，尤森手下的人还故意低语说死者死于天花，吓得收税员们迅速离去。
王室洛克那加酒厂的非法的蒸馏器
当时威士忌还不是苏格兰的，确切地说，英国各地方上层人士的首选饮料，他们餐桌上的佳酿更多的是从法国来的上等白兰地和葡萄酒。
在苏格兰和爱尔兰，根据威士忌酿制的不同程度，实行税收分类，从而征收生产许可证费后，这种威士忌生产的不景气的状况有所改观。情形的变化最早始于
1823年议会法案的出台。威士忌生产合法化意味着酒厂的建立是长久的，而不是为了一时的利益，这样就能促使酒厂不断改进产品品质。第一个拿到许可证的酒厂是格阑里维酒厂(Glenlivet)，是在1824年拿到的。紧随其后，家豪(Gardhu)、格阑德洛纳克(The Glendronach)、老费特凯恩(Old Fettercairn)和马卡伦(The Macallan)等酒厂也分别申请到了许可证。史料记载，18世纪末商业化酿造开始得最早的一批酒厂包括博摩尔(Bowwmore 1779)、高地庄园(highland Park 1795)、莱根法尔林(Lagavulin 1784)、小磨坊(Llittlemill 1772)、托巴莫利(Tobermory l795)。
1863年法国爆发的葡萄虫害致使大部分葡萄园减产，至1879年欧洲各地的葡萄园不得不砍掉了大片的葡萄树。葡萄酒的产量锐减，对法国上等白兰地的影响尤其大。消费者们只好转向其他的酒类，开始注意本土的产品，此时阿德林·阿舍(Adlian Usher)在爱丁堡已尝试制作威士忌的混合产品，生产了一种更符合大众口味的、更清滑爽口的混合威士忌饮品。在此期间许多新的酒厂也纷纷建立起来，比如建于1898年的本立亚克(Benriach)酒厂、建于1892年的巴尔维尼(The Balvenie)酒厂、建于1896年的达芙镇(Dufftown)酒厂。
奥克尼的高地庄园威士忌酒厂的宝塔形建筑和制作精良的铁门
1898年当一个知名的混合酒公司帕蒂森公司(Pattisons)倒闭时，受其影响，威士忌销量不断增长的趋势停止了。帕蒂森兄弟被判入狱，他们的公司垮台后整个行业受到了很大的震动。受资金不足、支出过大以及经济不景气大环境的影响，许多酒厂纷纷倒闭。
随着竞争的加剧，麦芽威士忌的市场开拓更加艰难。直到1963年，单一麦芽威士忌市场才有所起色，但它们大部分依然是作为混合威士忌的原料供应给制作混合威士忌的公司，而不是直接上市出售。只有少数几家公司开始积极开拓单一麦芽威士忌市场。开此先河的是威廉·格兰特父子有限公司(William Grant&Sons)，他们投入了大量的资金推出他们的单一麦芽威士忌——格阑费迪克威士忌。
酒厂的规模化、很高的员工雇佣率和开拓市场的高额费用，意味着许多酒厂不能独自维持生产，集团公司的形成成为必然，例如联合酒业集团就是由众多酒厂联合成立的。近年来随着单一麦芽威士忌市场的好转，一些企业开始单独进行贸易活动，目前有少数几家酒厂是独立经营、独立销售的。
巴尔维尼酒厂大约开始于1880年
