学院设有农业工程，生物工程，仿生与动力工程，食品科学与包装工程，农业经济管理五个系；拥有吉林省地面机械仿生技术与仿生功能材料中试基地，农业机械工程研究院，精确农业研究中心，工程仿生研究所，绿色食品加工分析技术研究所，农业生物环境与能源工程研究所，农产品加工及储藏工程研究所，机电设备研究所等研究机构；建有地面机械仿生技术教育部重点实验室，中法谷物加工高技术实验室，以及农业工程，生物工程、食品与包装工程，农用动力与运输机械等专业实验室。
学院的学科专业已由20世纪80年代初单一的农业机械设计制造发展成涵盖农业工程、食品科学与工程、生物工程、包装工程、农业经济管理等学科，具有坚实的学科基础。农机学科从20世纪60年代开始培养研究生，1981年建立农业机械设计制造博士点，1998年转点为农业机械化工程。1988年农机学科被批准为国家重点学科，2002年又被国家教育部列为高等学校重点建设学科。1989年建立农业工程博士后流动站。学院拥有农业工程一级学科博士学位授权点，有农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化等博士学位学科授权专业，有农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、食品科学、农产品加工及贮藏工程、农业经济管理、农业电气化与自动化工程、发酵工程等硕士学位学科授权点，有农业工程领域工程硕士专业学位授权点，有生物工程（生物资源）、食品科学与工程、包装工程、农业机械化及其自动化学士学位授权点以及期货投资与管理辅修第二学科学士学位授权点。农业机械化工程学科是教育部“长江学者奖励计划”设岗并上岗学科。
经过近50年的建设，特别是经过“211工程”建设，学科的总体水平显著提高，位居国内同类学科前列，国际上有一定影响。学院以农业机械化工程学科为带头学科，在学科学术队伍、科研能力与水平、试验研究条件、人才培养能力与水平和对外学术交流与合作等方面的建设取得了重大进展。形成了农业机械动力系统分析及其相关技术、精确农业及其智能机械设计与环境控制、地面机械仿生理论与技术、农业机械化系统分析与管理工程、农产品转化增值工程等五个具有优势与特色的主要研究方向。其特色是：在研究方向设置上，面向新的农业科技革命，发展学科前沿适应国际竞争，服务农业现代化国家目标和区域经济；发挥自身优势，理论与技术、农机与农艺、工程与管理、科研攻关与人才培养相结合；在研究内容上，向信息、生物科学等方面拓宽研究领域促进多学科交叉，如仿生、智能CAD、非常规行走、精确农业、智能控制与检测等，发挥工程科学基础及综合性大学整体优势；加强管理与战略研究，如农机绿色制造决策、精确农业经济分析、吉林省农业工程发展战略等，发挥学科的整体优势为有关决策提供依据。
自被批准为国家重点学科以来，获国家奖3项、省部奖30余项；完成课题230项，其中国家自然科学基金17项（两项重点），国家攻关项目10项；学术论文880余篇，著作33部；培养博士80多名、硕士200多名、博士后16名；建设经费投入5000万元；新增实验室面积2700m2；主办国际学术会议1次，参与主持5次，外国专家来访讲学逾80人次，出国学术交流逾60人次。
形成了以陈秉聪院士为核心、博士生导师和中青年博士为骨干、年龄结构和学历层次结构合理的学科学术队伍，博士生导师13名。在研课题57项，国家和省部级项目34项（国家自然科学基金4项（1项重点），国家杰出青年科学基金1项，973预研项目一项，863项目3项）。在学博士生83名、硕士生117名，在站博士后6名。专业实验室面积12140 m2，万元以上设备268台，主要研究领域的试验条件接近或达到国际先进水平。与10所国际著名大学开展合作。
生物与农业工程学院原为理工科现居综合性大学，便于在工程科学和基础科学领域的学科交叉，如仿生、精确农业、智能控制、农产品转化增值，人员来自信息、生物、计算机、材料、管理等多学科，并与行业有紧密联系。生物与农业工程学院将利用吉林大学在信息、生物及经济管理科学的总体优势，推动其与信息、生物科学交融。
吉林大学生物与农业工程学院是国家农业工程相关领域现代化创新成果和高层次人才培养的重要基地。
