你们的消毒温度是多少，提高消毒温度应急吧。
先检查灌装机吧，敞开口的？还是封闭的？开口的要注意管道上的冷凝水，封闭的要注意灌装料斗内部的清洗效果。
灌装头的清洗流量能够达到么？灌装管的尺寸是多少？有多少路？清洗流量是多少，算算清洗的流速吧。
灌装环境如何，潮湿和温度较高的环境比较容易造成污染。
设备的管接头卫生要注意，活接外侧，密封圈等，尤其是手动蝶阀的清洗。
管道上的活接要拧紧，在泵的进口之前会形成真空，如果泄露容易造成污染。
另外，有没有检查泵的机械密封和泵内的清洗，因为酸奶灌装泵的流量比较小，而清洗流量比较大，需要做好安装的设计。
以上建议仅供参考。
个人认为换热器的问题较小，可以通过打压试验或者渗透试验来检测。
