从你介绍的情况看，至少应该从“原料卫生、设备卫生、人员卫生、车间卫生”四个方面入手。可以：
1、原料卫生控制：原料进入车间前，用符合SSOP要求的水（SSOP第一条 水和冰的安全）进行较彻底的清洁。如果顾客允许的话，可以考虑用低毒低残留的消毒剂进行简单的消毒（但我认为效果不会理想，因为所有的有机物的大量存在都会降低杀菌效果）。
2、设备卫生控制：科学制定（比如消毒剂的选择、配制、正确使用，消毒的方式、频次等等）你们公司自己的SSOP文件（食品接触表面部分），并严格执行。要包括工器具在内。
3、人员卫生控制：同样要严格按SSOP中有关员工健康、员工卫生的规定去做。要特别注意往往容易忽略的环节，比如作业服的消毒、工作靴的消毒是否到位等。
4、车间卫生控制：这是一个比较难办的问题。可以从以下几个方面着手。
a、严格按GMP的规定规划、更改和加强车间的基础实施，包括土建部分。
b、对车间空气进行较为可行的处理。比如简单的过滤、反射式无臭氧紫外灯连续照射杀菌、定期对空气进行较彻底的熏蒸或喷雾灭菌等。记住：在车间内进行加工的同时，绝对不可用臭氧进行杀菌，那样可能会导致人身安全事故。
c、对车间进行合理的区域分割（高、中、低洁净区），并严格注意“四流”的流向只能按从相对高洁区向相对低洁区的顺序流动。
d、严格做好防虫防鼠工作。
e、还有很多细节，比如门的开关方向只能向相对低洁区的方向打开，等等。
对微生物的问题而言，可以说怎么小心都不过分。这在生物制药等几乎所有需要严格控制微生物的行业中早已经成为共识。
