牛乳中的细菌
牛乳从乳房中分泌出来时，实际上是无菌的，但是由于乳头通道可能进入细菌，所以即使牛乳尚未离开乳房，就可能已受污染。但这些细菌一般是无害的，数量极少，每毫升仅有几十至几百个细菌。然而，由于细菌的感染，以致乳房发炎（乳房炎），牛奶被细菌严重污染，甚至可能不宜食用，更不用说乳牛的痛苦了。在乳头通道中常集有细菌，但大部分细菌在开始挤奶时被冲掉，最好是把每个乳头开始挤下的带有许多细菌的牛奶单独装带有黑罩的的容器中，在黑色背景下，病牛的絮凝奶很容易被发现。
牛乳中的主要细菌
牛乳中的许多细菌是不速之客，它们能在牛乳中生存并可能进行繁殖，但牛乳常常又不是适合它们生长的环境。有些细菌当在与那些更适合以牛奶为生长环境的细菌竞争时死亡。存在于牛乳中的细菌群可以区分为乳酸菌、大肠菌、丁酸菌、丙酸菌和腐败菌。
另外，，应该注意到牛奶中可能含有治疗牛的乳房炎所残余的抗菌素，最常见的是青霉素，尽管规定抗菌素处理过的奶不要送到乳品厂，但可能会发现奶罐中的奶抗菌素含量很高，能抑制或延缓你所用发酵剂菌种的生长，更严重的是，孩子食用了污染抗菌素的奶后，对注射抗菌素过敏，并且他们的消化系统也会被打乱，尤其严重的象中央电视台之前每周质量报告的滥用抗生素的结果是一样的。
