1、首先应明确“灭菌”和“杀菌”的概念，二者的含义是不一样的。
灭菌：将食品中的所有微生物包括细菌芽孢全部杀死或除去的措施。
杀菌：除去对象菌或指标菌的措施。杀菌并不一定意味着杀死了所有的微生物。
2、再者，具体采用什么方式杀菌或灭菌，要根据工厂的实际情况以及产品性质来决定。比如，生产瓶装碳酸饮料的工厂，一般都采取巴氏杀菌法，不可能采用高温或超高温，因为其中含有二氧化碳气体，如果温度过高，会导致气体挥发，造成瓶内压力过高，爆瓶。不含气的饮料，大多采用高温短时或超高温瞬时方式。
实际上，一个公司在开发产品时，根据产品定位选择相应的生产设备，相应的，也就决定了你的杀菌方式（因为，目前，许多设备都是成套的，包括杀菌、包装等）。我觉得，不管采用什么杀菌方式，只要满足产品要求就行。
下面以奶制品为例来说明
目前市场销售的牛奶制品主要有三类：未经杀菌的鲜牛奶、消毒鲜牛奶和灭菌牛奶。
在许多发达国家，未经杀菌的生鲜牛奶是最受消费者欢迎的，但价格也最为昂贵。新挤出的牛奶中含有溶菌酶等抗菌活性物质，能够在４℃下保存２４～３６小时。这种牛奶无需加热，不仅营养丰富，而且保留了牛奶中的一些微量生理活性成分，如免疫球蛋白、细胞因子、生长因子等，对儿童的生长发育最有好处。
在我国价格比较低廉的是杀菌鲜牛奶，它们无需再次煮沸，用微波炉加热１～２分钟便可直接饮用。杀菌奶经过巴氏杀菌，将牛奶中的致病菌杀死，但是某些细菌的孢子非常耐热，仍然潜伏在牛奶中，一旦条件合适还会繁殖，所以只能保存在冰箱里。杀菌鲜牛奶在４℃下只能保存４８小时。它们的营养价值与鲜牛奶差异不大，Ｂ族维生素的损失仅为１０％左右，但是一些生理活性物质可能会失活。
灭菌牛奶系经过长时间高温灭菌，连细菌的孢子也彻底杀光，所以灭菌牛奶的保质期达６个月以上，只要不开封，放在室温下也可。一旦开封便应放在冰箱中，２４小时之内饮完。
灭菌奶一般比较浓厚，但是风味物质有一定损失，Ｂ族维生素有２０％～３０％的损失。
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